アメリカでは、2008年にアメリカ食品医薬品局（FoodandDrugAdministration:FDA）に承認され、世界的には標準治療の1つとなりつつありますが、日本の保健医療としてのTMSはその後大きく遅れをとる結果に。日本では2019年6月に重度のうつ病に対するTMS治療が保険適応になりましたが、制約がとても大きく、基本的に入院での治療が前提となってしまいました。
しかもアメリカで認可されている最新の治療プロトコルは保険診療では行えないこともあって、TMS治療は日本では主に自由診療で行われているのが現状です。ただし悪いことばかりではなく、費用はかかるものの、入院なしに仕事や学校に行きながら治療することもできますので、それぞれの人にあったペースで治療が可能です。